Năm 630 có bộ lạc Banu Bakr đồng minh của Mecca đánh nhau với bộ lạc Khuza'ah đồng minh của Medina. Phe bảo thủ Mecca giúp bộ lạc Banu Bakr. Thánh Muhammad coi là họ đã xé bỏ hòa ước Hudaibiya qua hành động đó, nên chuẩn bị hưng binh, nhưng giữ bí mật không nói là sắp đi đâu. Thủ lĩnh phe bảo thủ Mecca là ông Abu Sufyan lo ngại, đích thân đến Medina điều đình, nhưng bị giữ lại không cho về.

Thánh Muhammad đem 10.000 quân đến Mecca. Phe bảo thủ Mecca hoang mang vì năm trước hai tướng giỏi nhất của họ là Khalid bin Walid và Amr bin Al Ass đã bỏ đi Medina theo Islam. Nay lại không có thủ lĩnh Abu Sufyan quyết định, nên đa số ngồi im không kháng cự.

Thánh Muhammad đã dặn quân sĩ không được hại mạng ai, ngoại trừ 20 người có thành tích bách hại tàn bạo nhất trước nay. Nhưng khi vào thành, ông được mặc khải lệnh tha thứ và hấp tấp truyền lệnh này. Lúc ấy có ba người trong danh sách đã bị giết. Tướng Khalid về đến khu phố nhà thì gặp tướng Ikrimah - chỉ huy phó kỵ binh Mecca - với một toán quân nhỏ nghênh chiến. Một số người chết. Tướng Ikrimah trốn thoát được nhưng vài ngày sau đã trở về khi hay tin được ân xá.

Thánh Muhammad vào đền Al-Haram, cho dẹp đi các tượng thần, và bảo sơn lấp đi các hình ảnh của tín ngưỡng đa thần giáo. Kế đến ông ra tiếp công chúng tụ tập trước đền, phủ dụ chiêu an. Ngày hôm sau, có vụ án mạng do người từ Medina về trả thù riêng, ông khiển trách thủ phạm nặng nề, và sai đem 100 con lạc đà bồi thường gia đình nạn nhân, theo đúng phong tục.

Attab bin Asid, một nhân vật quan trọng của phe bảo thủ, nay theo Islam, được ông đặt làm thống đốc Mecca, và quy định lương bổng theo cơ chế chính quyền Medina. Khi vào xem kho tàng của đền Ka'aba từ nhiều năm được khách thập phương dâng cúng, người ta kiểm kê được hơn 55.000 lạng vàng [5]. Thánh Muhammad không chạm đến tiền này.

Sau khi ở lại Mecca vài tuần sắp xếp các công việc, ông trở về Medina.

Quốc gia Islam

Năm thứ 9 của kỷ nguyên Hijri (tương đương với năm 631) được các sử gia Islam gọi là Năm của Các Phái Đoàn. Năm ấy có rất nhiều phái đoàn đến từ khắp nơi trên bán đảo Ả Rập tuyên bố bộ lạc họ theo Islam và xin nội thuộc vào lãnh thổ Medina. Thánh Muhammad dành nhiều thời gian để tổ chức hệ thống hành chính, thuế khóa cho các vùng mới gia nhập. Ông nghiêm cấm gia đình và người trong họ lấy tiền công quỹ chi tiêu riêng.

Năm thứ 10 Hijri rất nhiều trường học được lập ra trong khắp lãnh thổ, và đặc biệt là ở Yemen phía nam bán đảo.

Chiến dịch Tabuk

Ba Tư ngày càng suy yếu, trong 3 năm ngôi hoàng đế qua tay ít nhất 5 người. Năm 631 Đông La Mã nhận thấy có thể yên tâm làm một cuộc viễn chinh vào Ả Rập. Được quân tế tác cho biết Đông La Mã chuẩn bị binh sĩ, thánh Muhammad bèn kêu gọi thánh chiến. Ông quy tụ được một đạo quân đông 30.000 người.

Thánh Muhammad và quân sĩ ra đến ải Tabuk, cách Medina khoảng 800 km về phía bắc. Đông La Mã thấy quân đối phương hùng hậu và kỷ luật, ngại nhiều tổn thất, nên không đến tấn công. Thánh Muhammad ở lại Tabuk ít lâu nhận định tình thế, rồi rút quân về.

Bài giảng ở Arafat

Năm 632 thánh Muhammad về Mecca hành hương lần cuối. Ngày 9 tháng 12 âm lịch Ả Rập, theo nghi thức hành hương, các tín đồ quy tụ ở đất Arafat, ngoại ô Mecca, để cầu nguyện. Tùy tài liệu, số tín đồ có mặt đông 90.000, 100.000 hoặc 140.000 người [6]. Thánh Muhammad đứng trên một đỉnh núi con là núi Từ Bi ('Ar-Rahman'). Mỗi khoảng cách xa xa có một người khỏe giọng lặp truyền lại từng câu ông nói để mọi người đều nghe rõ.

Ông nhắc lại những tín điều quan trọng, dặn dò mọi người hãy cố gắng theo lời truyền dạy của kinh Koran, và tuyên bố là sứ mạng truyền đạo Islam của ông nay đã hoàn tất.

Những ngày cuối cùng

Mặc dù là lãnh tụ của một quốc gia rộng lớn, nhưng thánh Muhammad vẫn sống giản dị, ở nhà cửa sơ sài. Ông không đòi hỏi sự phục dịch, tự tay xách nước giếng khi cần tắm rửa. Ông thường nhịn chay, và tránh trong một bữa ăn hai thứ thịt. Trong thời gian bà Khadija còn sinh tiền, ông chỉ một vợ một chồng. Sau khi bà Khadija qua đời khoảng một năm thì ông tục huyền với một góa phụ, và sau đó thành hôn với mấy người nữa, đều là góa phụ hay đã ly dị chồng, ngoại trừ cô Aisha con ông Abu Bakar, trong những tình huống đặc biệt.

Đầu năm 11 Hijri, sức khỏe ông kém hẳn. Vài lần thấy mình không đủ sức dẫn lễ cầu nguyện ngày 5 lần ở thánh đường, nên ông nhờ ông Abu Bakar dẫn lễ thay. Ông kiểm lại tài sản, có chút ít đất đai thì ông để lấy huê lợi cho gia đình, còn 7 đồng dinar thì bố thí cho người nghèo. Ông cũng còn thanh gươm trị giá mấy đồng tiền vàng gởi cho người rể út là Ali, và một chiếc áo giáp nằm ở một hiệu cầm đồ người Do Thái ở Medina.

Ông qua đời ngày 12 tháng 3 âm lịch Ả Rập, cũng là sinh nhật của ông. Đã có nhiều người có khuynh hướng thờ phụng ông như một vị thần linh khi ông còn sinh tiền, nên ông Abu Bakar mới tuyên bố:

Thi hài ông được an táng trong khuôn viên thánh đường gần nhà, nay gọi là thánh đường Al-Nabawi (« Thánh Đường Thiên Sứ »). Sau thánh đường mở rộng, phần mộ ông nay nằm trong toà đại điện.